Este cambio de lealtades causó un enorme escándalo en la corte saluzzense, y su madre Margarita ordenó que fuese encarcelado.

Tras la muerte de su hermano, el marqués Miguel Antonio, luchando contra los españoles en Aversa el 18 de octubre de 1528,[3]​ una insurrección popular lo liberó inmediatamente poniéndolo a la cabeza del marquesado.

Sin embargo, Saluzzo seguía estando bajo la influencia de Francia y Francisco I lo depuso a favor de su hermano Francesco Ludovico.

Así que Giovanni Ludovico apenas puedo ejercer el poder, y sus intentos por recuperarlo, apoyado por Carlos I, fueron siempre desmontados por la monarquía francesa.

Llegada la paz entre España y Francia en 1559, renunció a todos sus derechos en favor de Carlos IX de Francia, que le concedió el título de Conde de Beaufort.