Con el comienzo del nuevo siglo, hubo un deporte que fue tomando cada vez mayor trascendencia en la sociedad, el Fútbol.
Su primera participación en un torneo oficial de la Liga Santafesina de Football en 1924 se vería opacada debido a la división que hubo en ese año dejando el campeonato desierto pero eso no haría bajar los brazos al equipo mens-sana que logró sumar al plantel a grandes jugadores para pelear campeonatos como lo fueron Tomás Loyarte, Ennis Hayes y Juan Francia tres jugadores que defendieron los colores albi-celeste de la selección argentina.
En el nuevo torneo que organizó la liga en el mismo año, Gimnasia se destacaría a gran medida saliendo subcampeón tras perder el partido final contra Colón.
Al año siguiente en 1925 nuevamente el combinado mens-sana saldría subcampeón por detrás de Colón, en 1926 la división vivida en el fútbol santafesino se calmaría fusionandose la Asociación Santafesina de Football Amateurs y la Liga Santafesina de Football naciendo así la Federación Santafesina de Football, Gimnasia nuevamente se colocaría en la segunda posición quedándose con el subcampeonato no fue sino hasta 1927 que Gimnasia se coronaría campeón tras arrebatarle el campeonato en las últimas fechas a Unión.
En 1936 se convirtió en el primer club de la ciudad en hacer una gira por el exterior jugando partidos en Perú y Chile.
Actualmente, Gimnasia es el cuarto club que más veces ha ganado la Liga Santafesina de Fútbol con 11 títulos en su haber.
En 2016 el club se queda a la puerta del título, luego de ganar la última fecha del Clausura ante Colón de San Justo, igualando en puntos con Unión y por lo tanto teniendo que disputar una final en cancha neutral.
El encuentro disputado en el estadio de Ciclón Racing terminó con la victoria tatengue y dejando a Gimnasia con el subcampeonato.
Con el ingreso a AFA de Unión y Colón, Gimnasia empezaría a tener una pequeña rivalidad que luego fue agrandándose con el Club Atlético Ferro Carril Santa Fe, histórico fundador de la Liga Profesional en 1931, esta rivalidad duró muchos años hasta que en 2001 el club ferroviario cesaría su actividades llegando a la desaparición.
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