Poco antes de morir, el antipapa Benedicto XIII no contaba en su curia con ningún cardenal, pues todos los que había creado habían fallecido o pasado a la obediencia de Roma.
La elección papal así prevista fue ejecutada solo por los tres cardenales leales a Benedicto XIII, puesto que Carrier, ausente en Francia, calificó la elección de simoníaca, pero Muñoz aceptó la designación y tomó el nombre de Clemente VIII.
El nuevo papa Martín V, reconocido ya prácticamente como tal por casi toda la Europa católica, ordenó a los obispos de Barcelona y Tortosa que intervinieran para resolver este cisma.
Así, cuando el rey aragonés consiguió que Martín V hiciera también concesiones (entre las que se incluían las relativas a su posesión del Reino de Nápoles) el propio monarca obligó a abdicar a Clemente VIII a mediados de 1429, en tanto el cisma resultaba ya políticamente inútil y hasta embarazoso para la Corona de Aragón.
Fue enterrado en la catedral de esta sede, en cuya antesala capitular todavía se conserva su sepultura.