Jin se ve envuelto en un conflicto moral, ya que según el estricto código samurái (Bushido) luchar sigilosamente es deshonroso.

Sin embargo, Jin es rescatado y cuidado por Yuna, una ladrona, quien le revela que los invasores han tomado el control de toda la isla.

Taka intenta atacar a Khotun, pero este esquiva el golpe y lo decapita.

Posteriormente, llegan a la isla los refuerzos samuráis del shōgun, quienes, junto con los aliados reclutados por Jin, se preparan para asaltar el castillo Shimura.

Sin embargo, los mongoles detonan explosivos en el puente que conduce al patio interior, causando numerosas bajas entre las filas samuráis.

Ante la certeza de que el shōgun condenará a Jin por traición, Shimura sugiere culpar a Yuna como chivo expiatorio, pero Jin rechaza la idea y decide afirmar su nueva identidad como «El Fantasma».

Jin se dirige hacia el norte y descubre que los mongoles han logrado replicar su veneno, planeando usarlo para envenenar a la población de Tsushima.

Con la mayoría de las fuerzas mongolas distraídas, Jin se infiltra en el puerto y logra eliminar a Khotun en su barco insignia.

Jin tiene la opción de otorgarle a Shimura una muerte honorable como guerrero o romper con el código samurái y perdonarle la vida.

Sin importar su elección, Jin se convierte en un enemigo del shōgun, pero sigue defendiendo Tsushima de los mongoles y los bandidos que quedan.

Este veneno fue introducido por un grupo de mongoles liderados por un chamán que utiliza cánticos para fortalecer a sus aliados, haciéndolos más agresivos y resistentes en combate.

Después de derrotar a los mongoles, Jin descubre que el Águila ha invadido la isla Iki, un lugar marcado por su pasado, ya que su difunto padre, Kazumasa, lideró allí una fallida campaña militar contra piratas locales.

Ante la nueva amenaza que representa el Águila, Jin decide viajar a la isla Iki, no solo para detenerla, sino también para enfrentar su pasado.

Una tormenta destruye el barco de Jin, pero logra sobrevivir y finalmente llega a la isla.

Jin lanza un ataque contra el fuerte, pero es derrotado y capturado por Khunbish, lugarteniente del Águila, quien lo lleva ante ella.

Tenzo lo lleva ante Fune, la líder de los piratas, y juntos trabajan para debilitar el control del Águila sobre la isla.

Al darse cuenta de que Tenzo fue quien asesinó a su padre, Jin casi lo mata, pero logra controlar su ira.

En cambio, propone recrear la emboscada que mató a Kazumasa para atraer al Águila y eliminarla definitivamente.

Finalmente, Jin y Tenzo se perdonan mutuamente antes de tomar caminos separados.

Jugado desde una perspectiva en tercera persona, el juego presenta un gran mundo abierto que los jugadores pueden explorar libremente.

El juego no cuenta con ningún waypoint, lo que permite a los jugadores explorar por sí mismos sin guía.

[5]​ Los jugadores pueden enfrentarse directamente con enemigos usando armas como la katana, wakizashi, tantō, yumi, etc. a menudo desmembrándolos.

En lugar de que al jugador se le presenten opciones binarias como en Infamous, el mundo y los personajes reaccionan dinámicamente a las elecciones de Jin en la historia, ya sea desaprobando sus acciones o animándolas.

Si bien es un invasor despiadado, tiene un "aspecto burocrático" mientras intenta conquistar la isla Tsushima con un derramamiento de sangre mínimo.