Su hermano menor el reverendo Walter Jekyll, fue amigo de Robert Louis Stevenson, quien tomó el apellido de la familia para su famosa novela El extraño caso del doctor Jekyll y el señor Hyde.

En 1848 su familia dejó Londres, mudándose a Bramley House, Surrey, donde pasó sus años formativos.

Jekyll fue una destacada adscrita de una de las asociaciones más influyentes e históricas como la del Movimiento Arts & Crafts, gracias a su asociación con el arquitecto inglés, Sir Edwin Lutyens, para cuyos proyectos creó numerosos jardines.

En obras como Colour Schemes for the Flower Garden (impreso originalmente en 1908) ella propone el uso del color de las flores de los jardines con paletas "cálidas" y "frías" tal como lo proponían los tratados que utilizaban los artistas desde el siglo XVIII.

También se interesó en muebles artesanales tradicionales y artesanías rurales, preocupada por los que estaban desapareciendo.

En 1907, Gertrude Jekyll dibujó los planes para un jardín de 1,8 ha en la casa solariega en Upton Grey.

Al este de la casa se encuentra el jardín formal: allí no hay líneas curvas, Jekyll diseñó un rosal y bordes herbáceos cuyos colores típicos se organizaron en franjas de frío, cálido y nuevamente frío.

Fue sepultada en el cementerio de Busbridge Church, antes conocido como San Juan el Bautista, en Busbridge, Godalming, junto a su hermano y su cuñada, Sir Herbert Jekyll, KCMG y Lady Agnes Jekyll, DBE.