En 1985 dejó Sao Paulo para instalarse en Río de Janeiro tras haber sido contratado por el Flamengo.

Allí permaneció un año y medio en el que su equipo no obtuvo títulos nacionales pero si estatales.

Filloy regresó a la Argentina en 1986, rechazando la propuesta que la Confederación Brasileña de Basketball le había realizado para nacionalizarse y jugar con su selección.

[4]​ Durante su paso por Brasil su nivel de juego había mejorado, especialmente en el aspecto defensivo.

Al año siguiente el equipo repitió la hazaña, aunque Filloy terminó el certamen severamente lesionado en una de sus rodillas.

Junto con Ariel Viola escribió el libro El zen y el arte del basketball (ISBN 9789501710281), publicado en 1995 por la Editorial Kier.