Dos años después se consagró campeón dirigiendo a Alianza Lima de Perú.

[4]​ Llegó al conjunto guaraní cuando este se encontraba penúltimo en la carrera mundialista a Brasil 2014.

Pelusso debutó con un empate 3-3 ante Guatemala, en un amistoso jugado en la ciudad de Washington, pero oficialmente se estrenó con una derrota de Paraguay por 3-1 ante Argentina en el Estadio Mario Alberto Kempes, luego cayó ante Venezuela (0-2) en Asunción y nuevamente perdió por la misma diferencia ante Colombia (2-0) en Barranquilla.

Sin embargo, en su cuarto partido al frente de los paraguayos, venció a Perú (1-0) en el Defensores del Chaco y luego rescató un importante punto en su visita a Montevideo (1-1), pero cuando todo parecía estar mejorando, cayó ante Ecuador (4-1) en Quito y de sobremesa fue derrotado (1-2) en Asunción ante Chile.

En el 2016, Gerardo abandona la dirección técnica de Independiente Santa Fe debido a inconvenientes con el jugador Omar Pérez y con la hinchada del club.