Ella fórmula fue derrotada por ella fórmula republicana de Abraham Lincoln y Andrew Johnson, y Pendleton perdió su carrera de reelección en el Congreso ese mismo año.

Pendleton fue un fuerte contendiente para la nominación presidencial en la Convención Nacional Demócrata de 1868, pero fue derrotado por Horatio Seymour.

La ley requería que muchas contrataciones del servicio civil se basaran en el mérito en lugar de las conexiones políticas.

La aprobación de la ley le hizo perder apoyo en Ohio y no fue nominado para un segundo mandato en el Senado.

[3]​ En 1854, se postuló sin éxito para el Trigésimo Cuarto Congreso de los Estados Unidos.

Votó en contra de la Decimotercera Enmienda, que prohibió la esclavitud y la servidumbre involuntaria.

[6]​ Pendleton se postuló como demócrata contra la guerra en las elecciones presidenciales de 1864 para vicepresidente, junto con George McClellan.

[4]​ Fuera del cargo por primera vez en una década, Pendleton se postuló para su antiguo escaño en la Cámara en 1866, pero perdió.

[2]​ Al año siguiente, fue el nominado demócrata para gobernador de Ohio y nuevamente perdió, esta vez ante Rutherford B.

Cinco meses después, durante su viaje de regreso a los Estados Unidos, murió en Bruselas, Bélgica.

Si bien su compromiso jacksoniano con los derechos de los estados y el gobierno limitado lo convirtió en un disidente durante la Guerra Civil, lo que Mach llama el "ardor jacksoniano de Pendleton por expandir las oportunidades para los estadounidenses comunes" fue la base de su liderazgo en la reforma del servicio civil y su controvertido plan para utilizar billetes verdes para pagar la deuda federal.

En 1846, Pendleton se casó con Mary Alicia Key (1824–1886), la hija de Francis Scott Key, abogado, autor y poeta aficionado, mejor conocido hoy en día por escribir un poema que luego se convirtió en la letra de la canción del himno nacional de los Estados Unidos, "The Star-Spangled Banner".