La localidad es atravesada por el río Ebro, el cual divide a la ciudad en dos zonas bien diferenciadas por su antigüedad histórica: el casco histórico o Aquende (orilla derecha) y la parte moderna o Allende (orilla izquierda).
Aunque no son frecuentes, es posible que ante condiciones anormales de lluvia o nieve se produzcan riadas e inundaciones.
La otra central se encuentra en el casco urbano y tiene unas dimensiones más reducidas que la anterior.
También está permitida la pesca bajo licencia aunque no es recomendable el consumo por razones sanitarias.
Entre las diferentes alturas que rodean a la ciudad destaca la Cruz de Motrico, Gobera y Peña Escalera en los Montes Obarenes.
En los ambientes húmedos, zonas sombrías y norteñas, se encuentran otros tipos de plantas como robles, hayas o pinos.
En los valles aparecen prados y pastizales que se ven invadidos por plantas de porte arbustivo como los brezos.
También existen decenas de aves menores tales como mirlos, pardillos, oropéndolas, etc. Entre las aves migratorias, son habituales las palomas torcaces, las cigüeñas, codornices, pinzones y un sinfín de especies más.
Muchos de estos animales están presenten todo el año al amparo del cuidado humano (en la ribera urbana del Ebro se introdujeron pavos reales, ocas, cisnes y cormoranes).
Bajo el agua, algunas de las especies más habituales son la trucha, la loina o el barbo.
En las zonas forestales dominan los corzos, jabalíes, zorros, jinetas y gato monteses.
También existe una amplia población de pequeños vertebrados como topos, ratones y musarañas.