El Himalaya domina el norte del país donde muchos picos superan los 7.000 m. Aunque típicamente se consideraba al Kula Kangri (7.544 m) la montaña más alta del país, estudios topográficos posteriores han concluido que la cima se encuentra totalmente en China.

Según estos el pico más alto es el Gangkhar Puensum de 7.540 m.[1]​ El clima es extremo en las montañas: las altas cumbres tienen nieve perpetua, y las montañas menores y las gargantas tienen fuertes vientos durante todo el año, lo que las convierte en túneles áridos en verano y páramos helados en invierno.

Solo el dos por ciento de Bután es tierra cultivable, y la mayor parte se concentra en esta área.

[2]​ Por tanto, se distinguen tres zonas en el país: las altas montañas del norte, los profundos valles entre estas montañas y las zonas bajas del sur, que recuerdan al paisaje predominante en la vecina India.

Fluyen hacia el sur hasta Punakha, donde se unen para formar Puna Tsang Chhu, que va al sur hacia el estado de Bengala Occidental en India.

El propio Wang Chhu fluye hacia el sureste a través del centro-oeste de Bután, drena los valles de Haa, Paro y Timbú, y continúa hacia los Duars, donde ingresa a Bengala Occidental como Raigye Chhu.

Alimentados por nieve fresca cada invierno y derritiéndose lentamente en el verano, los glaciares traen millones de litros de agua dulce a Bután y áreas río abajo cada año.

Este se ve afectado primero en verano por el monzón del Suroeste, que trae mucha humedad.

El monzón de invierno procedente del suroeste, trae fuertes ventiscas, las nevadas son comunes hasta en alturas de 3.000 m y se producen fuertes tormentas.

Los principales problemas medioambientales son la erosión del suelo así como la baja disponibilidad de agua potable e instalaciones sanitarias.

En Bután hay 21 áreas protegidas que ocupan unos 19.171 km², el 48% del territorio.