[2]​[5]​ Puyana dejó el ejército por solicitud del entonces presidente de Colombia, Alfonso López Michelsen.

[5]​ Puyana también fue cronista del conflicto armado colombiano, escribiendo varias obras en ésta materia.

Académico por herencia familiar,[3]​ Puyana también perteneció a varios círculos académicos como la Academia Colombiana de Historia, a la que también pertenecía su padre, y la Sociedad Geográfica de Colombia.

Su padre era pariente lejano del empresario Eduardo Puyana Rodríguez, padre de la periodista Nohra Puyana, quien a su vez es la esposa del también periodista y político conservador Andrés Pastrana Arango.

Gabriel contrajo matrimonio con María Cristina Paz Garther, con quien tuvo a sus hijos Juan Carlos, Luis Ernesto, Gabriel y Sergio Puyana Paz.