La unidad es diezmada posteriormente en un ataque aéreo, luego de ser acusados por robar una ojiva nuclear, Duke es asesinado en el transcurso.

Mientras tanto, Snake Eyes (Ray Park) es culpado por la muerte del Presidente de Pakistán.

Después del ataque, Roadblock, Lady Jaye y Flint salen de un pozo donde se habían ocultado y concluyen de que la única persona que podría haber ordenado el ataque es el presidente y se disponen a volver a Estados Unidos de alguna manera.

Los Joe restantes llegan a Estados Unidos y se refugian en un viejo gimnasio.

Al mismo tiempo, en una instalación secreta para controlar el progreso del proyecto y la construcción de ZEUS Tank HISS (High Speed Sentry), Zartan informa a Cobra y a Firefly de los tres Joe restantes.

En Tokio, la prima de Storm Shadow, Jinx, es ordenada por el maestro Blind Master capturar a Storm Shadow para hacerlo responder por la muerte de su maestro, siendo acompañada por el verdadero Snake Eyes.

Preparándose para la batalla, Colton se une al equipo con varios compañeros suyos, y les proporciona una serie de armas, y preparan un plan para impedir que Cobra se salga con la suya.

Storm Shadow persigue a Zartan y finalmente lo asesina, vengando la muerte de su tío.

El Presidente de los Estados Unidos se dirige a la nación en una ceremonia en la que Roadblock, Lady Jaye, Flint, Jinx y Snake Eyes son conmemorados como héroes.

Roadblock levanta con orgullo el arma y deja escapar un solo tiro en honor a sus camaradas caídos.

También se ve a James McCullen/Destro pero solo en las escenas de la prisión del Comandante Cobra y él no fue liberado porque el Comandante Cobra lo echa de su equipo, dejándolo en su encierro acuático.

Rachel Nichols, la actriz que interpretó a Scarlett en la primera película, dijo que los miembros de la mayoría del reparto no volverían, a excepción de los tres actores mencionados.

Joseph Gordon-Levitt también confirmó que no regresaría como el Comandante Cobra en la película.

En agosto de 2011, se confirmó que Bruce Willis para protagonizar la película como el G.I.

El incidente ocurrió mientras los miembros del equipo se cambiaban a un set.