A continuación estudió hasta 1971 historia y ciencia política en la Universidad Libre de Berlín.

Después de licenciarse en ciencia política empezó a trabajar desde el año 1973 como director en un club juvenil en Spandau.

[2]​ Su interés por esos asesinatos despertó cuando su hija sufrió una encefalitis al poco de nacer que le dejó secuelas cerebrales.

La DFG rechazó la solicitud, dado que los historiadores contemporáneos Eberhard Jäckel y Karl Dietrich Bracher, si bien aprobaron el tema del estudio, dudaban de la cualificación técnica de Aly.

Entre los años 1984 y 1992 editó los primeros diez volúmenes de la obra Beiträge zur nationalsozialistischen Gesundheits- und Sozialpolitik; entre los años 1985 y 1988 lideró el proyecto Täterbiografien en el Hamburger Institut für Sozialforschung.

Después de ser profesor invitado en Viena y Salzburgo, entre los años 2004 y 2006 fue profesor invitado para una investigación interdisciplinar del holocausto en el Instituto Fritz Bauer de Fráncfort del Meno.

El detonante de este interés fue una amplia investigación sobre la eutanasia durante el Tercer Reich que se llevó a cabo en Hamburgo en 1981.

En 1991 publicó junto con Susanne Heim el libro Vordenker der Vernichtung, donde los autores consideran que el origen del holocausto fue debido a motivos demográficos y económicos.

Sin embargo, su obra aparecida en 2005, Hitlers Volksstaat , volvió a generar polémica en círculos especializados.

Realizó unas declaraciones polémicas durante una rueda de prensa con motivo de una exposición sobre el colonialismo, Die Dritte Welt im Zweiten Weltkrieg, en la que se reconocía a la gente de las colonias que habían ayudado a liberar a Alemania durante la Segunda Guerra Mundial.

Según su opinión, la comparación de ambas generaciones sirve «solo a la provocación, no al conocimiento histórico».