[2]​ El año 2005 la empresa minera australiana BHP Billiton se incorporó como socio de la Fundación Chile a través de su filial Minera Escondida, reemplazando en el tiempo a la ITT.

[2]​ El proceso de incubación y transferencia tecnológica se puede resumir en:[7]​ Luego, durante la década de los 90, se comenzó a trabajar mayoritariamente en base a alianzas con el sector privado (joint-ventures), lo que disminuye el riesgo de inversión, puesto que no todas las iniciativas anteriores habían sido exitosas.

El año 2010 Fundación Chile se reestructura nuevamente, reconociendo que su fortaleza se encuentra en su experiencia en innovación e introducción de nuevas tecnologías, sus redes e información, enfocada principalmente en las áreas de minería, sostenibilidad, alimentos y capital humano.

[8]​ En fruticultura, destaca el trabajo realizado en torno a cultivos de berries (frambuesas, arándanos, frutillas, moras, cranberry, sanddorn, zarzaparrillas y grosellas) en la zona sur del país con instalaciones de riego automático, embalaje y frigorífico (1985),[2]​ convirtiéndose Chile en el segundo mayor exportador de arándanos azules del mundo (2020).

Los resultados logrados estimularon a la industria local a implementar esta tecnología, logrando que en pocos años más del 50 % de la producción de carne fuese empacada en esta forma.

Pero un brote de listeria el año 2008 afectó fuertemente sus resultados y ésta fue luego vendida al sector privado a principios del 2011.

[14]​ Entre los años 2005 y 2014, los agricultores suscritos al programa lograron aumentar su producción de grano hasta en un 27% en los distintos cultivos intervenidos.

Desde el inicio de la década de los 80, la Fundación Chile ha desarrollado proyectos de acuicultura tanto con especies nativas como exóticas, como el salmón, abalón rojo, lenguado, hirame, turbot, ostra japonesa, merluza austral, róbalo patagónico, corvina, seriola, halibut, congrio dorado, catfish, esturión, almeja, ostión del norte y la navaja, entre otras.

[22]​ Desde 1989, La Fundación Chile publicó la revista periódica Aquanoticias Internacional, primera publicación especializada en acuicultura y pesca en Hispanoamérica, que desde el 2005 es el portal de noticias y edición impresa Aqua.

[2]​ Alrededor del 2010 se crea la plataforma aceleradora de negocios «Emprende FCh», para apoyar a emprendimientos en etapa temprana, enfocada principalmente en las áreas de minería, sostenibilidad, alimentos y capital humano.

[37]​ Para afrontar el impacto del cambio climático en el país, en 2016 nace la iniciativa «Escenarios Hídricos 2030», programa conjunto entre la Fundación Chile, Fundación Futuro Latinoamericano y Fundación Avina, con el objeto de avanzar hacia la seguridad hídrica del país.

[40]​ El modelo desarrollado por la Fundación Chile como incubadora de empresas consiste en identificar oportunidades para nuevos productos y servicios, obtener e implementar la tecnología necesaria adecuándola a las condiciones locales, comprobar su viabilidad técnico-económica, y luego escalar la empresa y difundir conocimiento sobre la tecnología en el sector productivo relevante.