En sus últimos años fue influenciado por el movimiento Art nouveau.

Fujishima nació en una familia de ex samuráis en Kagoshima, Dominio de Satsuma en el sur de Kyūshū, Japón, donde su padre había sido un sirviente del daimyō del clan Shimazu.

Sin embargo, Fujishima se sintió atraído por las nuevas técnicas de pintura al óleo de estilo occidental y cambió a la pintura de estilo yōga, que aprendió con Yamamoto Hōsui y Soyama Yukihiro.

Viajó a Francia en 1905 para estudiar las técnicas de pintura histórica con Fernand Cormon en la Escuela de Bellas Artes de París, y el retrato pictórico con Carolus-Duran en la Academia Francesa en Roma en Italia.

Su tumba está en el cementerio de Aoyama, en Tokio.