Las fuerzas armadas de Guinea están divididas en cinco ramas; el ejército, la marina, la fuerza aérea, la Gendarmería nacional paramilitar y la Guardia Republicana, cuyos jefes dependen del Presidente del Estado mayor conjunto, que está subordinado al Ministro de Defensa.

Asimismo, cuenta con la ayuda de la Guardia Republicana, que proporciona protección a los funcionarios del gobierno.

Después del complot, el ejército fue considerado por el gobierno como un centro de subversión potencial y una milicia paramilitar fue desarrollada como una fuerza contraria a cualquier amenaza militar al gobierno.

La creciente desconfianza hacia las fuerzas armadas regulares después del complot de Labé hizo que la milicia irregular adquiriera una mayor importancia.

Se exhortó especialmente a la rama juvenil del partido, la Juventud de la Revolución Democrática Africana, a denunciar las irregularidades y los delitos ante las autoridades del partido y la policía.

Las unidades de voluntarios, formadas en respuesta a este llamado, asumieron algunas funciones policiales limitadas, tras los elogios del gobierno a los esfuerzos de estas unidades, el papel de la milicia se amplió, especialmente a medida que la actividad del mercado negro y el contrabando empeoraron.

Touré había anunciado esta política en 1967 cuando escribió que gracias al especial entrenamiento político, físico y social, las milicias populares se iban a convertir en un resorte indiscutible del sistema de seguridad nacional, del cual las fuerzas armadas convencionales constituían una sección fundamental.

Al centrarse tanto en la milicia, Touré mantuvo a gran parte de las fuerzas armadas en la pobreza.

El International Crisis Group afirmó que; "las condiciones del servicio eran deplorables, incluso para los oficiales, el cuerpo de oficiales superiores vivía con unas raciones exiguas, y vio cómo sus privilegios y sus asignaciones familiares se reducían con el tiempo, los soldados de todos los rangos tenían que encontrar formas de complementar sus raciones, y a menudo se veían obligados a trabajar en granjas estatales o en pequeños proyectos agrícolas".

Cualquier actividad militar del ejército regular, por ejemplo los ejercicios militares, se consideraba como potencialmente subversiva.

Dos aeronaves MiG guineanas sobrevolaron Freetown a baja altura y Touré puso en alerta al ejército guineano debido a los graves problemas que afectaban al pueblo hermano de Sierra Leona.

Se instaló una junta militar que empezó a enfrentarse entre sí y rápidamente, como había ocurrido bajo el régimen de Touré, la principal preocupación de seguridad nacional pasó a ser la preservación del poder político por parte del presidente.

[6]​ El gobierno de Conté estuvo profundamente involucrado en la Primera guerra civil liberiana, ya que apoyó al principal grupo que se oponía al Presidente liberiano Charles Taylor en Liberia.

Conté, tras las elecciones guineanas de 1993, tuvo que hacer algunas concesiones importantes para salvar a su régimen.

En la misma época se entregaron los transportes An-2, An-12, An-14, Il-14 e Il-18V y también entraron en servicio los helicópteros Mil Mi-4.

Otras entregas del bloque oriental incluyeron tres aviones de entrenamiento a reacción Aero L-29, seis Yak-11 y Rumania contribuyó con helicópteros IAR-316 Alouette III construidos bajo licencia y dos helicópteros de transporte IAR-330L Puma.