Estos guerreros locales que estaban al servicio del sultán también fueron responsables de los ciudadanos varones cualificados designados por él.

El AFP remonta sus raíces al Katipunan, la fuerza revolucionaria fundada por Andrés Bonifacio en julio de 1892 que hizo la guerra contra España y los Estados Unidos para la independencia filipina y las fuerzas militares fundadas en el periodo revolucionario y en la guerra Filipino-Americana.

El general retirado del Ejército de los Estados Unidos, Douglas MacArthur, hijo del General Arthur MacArthur, héroe de las fuerzas americanas en la Guerra Filipino-Americana, se le pidió para supervisar su fundación y formación.

El Ejército de las Filipinas incluía los unidades navales y aéreas que informaban directamente al cuartel general del entonces Ejército de la Mancomunidad Filipina, y la Constabularia Filipina, más tarde parte de las fuerzas terrestres propiamente dichas como una división.

[6]​ A mediados del 2017, el presidente Duterte envió marines filipinos a la isla Thitu, una de las islas que forman el municipio del archipiélago Kalayaan (Archipiélago Libertad en español), bajo administración filipina, pero que son parte de la disputa territorial conocida como las islas Spratly entre varios países, entre ellos la China.