Durante la guerra civil de El Salvador (1979-1992) la FAES llegó a tener hasta 65.000 hombres en uniforme en la lucha contra la guerrilla del FMLN.[10] El organismo se encuentra integrado por el jefe del Estado Mayor Conjunto de la Fuerza Armada, el jefe del Estado Mayor General del Ejército, el jefe del Estado Mayor General de la Fuerza Aérea, el jefe del Estado Mayor General de la Fuerza Naval y por los asesores que fueren necesarios.[11] El Organismo Auxiliar está conformado por la Inspectoría General de la Fuerza Armada.[15] Las unidades de apoyo proporcionan los medios para que la Fuerza Armada cumpla las misiones a su cargo.[16] Esta unidad tiene como misión organizar, planificar, dirigir y ejecutar las políticas, estrategias, planes, proyectos doctrinarios, educativos y de entrenamiento de la Fuerza Armada, de conformidad a las directivas emanadas del Estado Mayor Conjunto.Son elementos integrantes del Comando de Apoyo Logístico, las Unidades e Instalaciones Logísticas necesarias para el cumplimiento de su misión.[22] Las Unidades Operativas son aquellas que por su organización están capacitadas para desarrollar en forma independiente una operación, esto es, una fase o etapa de una campaña militar.Los Organismos Asesores del Mando de las Unidades Operativas son los respectivos Estados Mayores; y los Organismos Asesores del Mando de las Unidades Tácticas son las respectivas Planas Mayores.[27] La carrera militar en El Salvador se inicia cuando se le confiere el grado de Subteniente al ciudadano salvadoreño que ingresa como Cadete a la Escuela Militar "Capitán General Gerardo Barrios", a la Escuela de Aviación "Capitán P.A.El grado militar se adquiere y se conserva personalmente en propiedad y de por vida, sin que se pueda privar de él sino por condena judicial que conlleve la destitución militar, o por renuncia voluntaria.[34] Por otra parte, cuando la condecoración se imponga a una Unidad Militar, deberá colocarse en su respectiva bandera o estandarte.[35] El Salvador ha participado en todas las ediciones de las Olimpiadas Militares, El Salvador fue el primer país sede de tan importante evento, en donde participan 21 países: Antigua y Barbuda, Barbados, Belice, Canadá, Chile, Colombia, Costa Rica, República Dominicana, El Salvador, Estados Unidos de América, Guatemala, Haití, Honduras, Jamaica, Panamá, Paraguay, Perú, San Cristóbal y Nieves, Surinam, Trinidad y Tobago y Uruguay.
"Los colores". La bandera salvadoreña, apoyada por cadetes de la Escuela de Cabos y Sargentos.
Cadetes de la Escuela Militar.
Acajutla, Sonsonate El Salvador (19 de julio de 2011) El aviador César Salgado Díaz, de Bogotá, Colombia, y un soldado salvadoreño llevan a una mujer de una sala de espera a una clínica
