Luego durante 2008, se creó el Comando Específico del Caguán (CEC), con tres brigadas móviles y con puesto de mando en San Vicente del Caguán (Caquetá).
Durante el 2009, se creó el Comando Específico del Oriente (CEO) también con tres brigadas móviles, pero con puesto de mando en el municipio de San José del Guaviare (Guaviare).
También durante el 2009, se agregó la Fuerza Conjunta de Acción Decisiva (Fucad).
Los militares lograron neutralizar en combate al terrorista José Nerup Reyes Peña, conocido con el alias del 'Campesino'.
En su poder se encontró información sobre las Fuerzas Militares de Colombia que supuestamente era clasificada y ultra secreta.