[4][5][6][7][8][9] Thomson se casó con su novia del colegio, Gail Jepson, y fue ordenado pastor presbiteriano en septiembre de 1913.
Mientras jugaba al fútbol se rompió una pierna y, encontrándose en el hospital Mary Pickford, visitó a los pacientes del pabellón acompañada de su amiga Frances Marion.
Después tuvo un papel coprotagonista en otro título de Pickford, The Love Light (1921), que fue escrito y dirigido por su mujer.
Fred Thomson fue enterrado en el Cementerio Forest Lawn Memorial Park, de Glendale (California).
Entre los portadores de su féretro estaban Harold Lloyd, Charles Farrell, Douglas Fairbanks, y George W. Hill.
El motivo de la pérdida estriba en que las películas mudas se filmaban con nitrato, un producto altamente inflamable.