Esta circunstancia promovió su trayectoria al contar con pensiones y ayudas económicas del monarca así como cargos como su nombramiento como cronista del Rey (1599), prior del monasterio de San Juan de Naranco en Liébana (1600), abad de San Isidro de Dueñas (1604) y obispo de Tuy (1608-1612).Finalmente, en 1612, fue nombrado obispo de Pamplona donde permaneció hasta su muerte en 1620.Esta capilla, denominada por ello "capilla de Sandoval", es la única que no se encuentra dentro de la planta del templo catedralicio, sino que sale al exterior.Utiliza muchos datos de Guevara y Mejía.[6] Su Vida y Hechos del Emperador Carlos V es considerada como fuente fundamental por los historiadores del periodo.
Escudo de armas de Prudencio de Sandoval en la Catedral de Pamplona
