En 1792, poco antes de su fallecimiento, Alcalde consagró el nuevo hospital "a la humanidad doliente".

Finalmente, y de común acuerdo con el presidente de la Real Audiencia, Jacobo Ugarte y Loyola, designó como primer rector de la Universidad al doctor José María Gómez y Villaseñor.

También encabezó las gestiones para que la Corona española otorgara permiso para la apertura del Real Consulado de Guadalajara.

Sus restos se encuentran en la parte interior a la izquierda del altar mayor del Santuario de Nuestra Señora de Guadalupe.

La gran mayoría de estas obras continúan sus labores y siguen en pie.