A Franck Bouyer se le diagnosticó narcolepsia, un defecto genético que causa somnolencia repentina.

Para luchar contra su enfermedad, tuvo que curarse utilizando modafinilo, un fármaco prohibido por la Unión Ciclista Internacional.

[1]​ No le fue permitido competir por la UCI en junio de 2004, aunque finalmente le fue permitido por la Agencia Mundial Antidopaje (AMA) para correr a partir de agosto de 2005.

[3]​ Sin equipo en el mes de enero de 2007,[4]​ Franck Bouyer demandó a la UCI (Unión Ciclista Internacional) y la Agencia Mundial Antidopaje por obstruir su libertad de trabajo.

[6]​ Al final de la temporada 2013 anunció su retirada del ciclismo tras diecinueve temporadas como profesional (pese al tiempo que estuvo sin correr debido a la narcolepsia) y con 39 años de edad.