Fue hijo de Juan Zapata Ossorio, señor de Barajas, y de María Cisneros, sobrina del cardenal Cisneros.
A lo largo de su vida política y cortesana desempeñó el cargo de corregidor de Córdoba entre 1567-73, debido especialmente a la rebelión de los moriscos de Granada y la celebración de Cortes Generales en dicha ciudad, a la que asistió en persona el monarca Felipe II.
Asimismo, mandó construir la Puerta del Puente al estilo renacentista en honor a la visita del rey.
[2] En su cese de este cargo tuvo un papel destacado el confesor del rey fray Diego de Chaves, quien haciéndose eco del descontento popular que responsabilizaba a Zapata del pésimo estado de la justicia en Castilla, se negó a dar la absolución a Felipe II en tanto mantuviera al conde en el cargo.
[5] En 1592 renunció a todos sus cargos y se retiró a su villa de Barajas, donde murió dos años después;[6] fue sepultado en la capilla mayor del convento de religiosos descalzos franciscanos, fundado por él mismo.