La expedición estaba justificada porque Banda era la única fuente mundial conocida de la nuez moscada y el macis, especias usadas para fines tan variados como saborizantes, medicamentos y conservantes de alimentos, en la época muy apreciadas en los mercados europeos.

Cuando el barco de Serrão encalló en Gresik, en Java, tomó a una princesa javanesa como esposa, que le acompañó el resto del viaje.

La expedición permaneció en las islas de Banda alrededor de un mes, comprando y embarcando en los barcos nuez moscada, macis y clavo, del que Banda ya era un puesto comercial próspero[1]​ Serrão dejó Banda en un junco chino comprado a un distribuidor de la región, sustituyendo su barco perdido.

La tripulación de Serrão se encontraba desarmada y necesitaban ayuda, pero estaban en buen estado.

Después de haber entablado una estrecha amistad, el sultán nombró a Serrão asesor personal en todas las cuestiones, incluidas las militares (según un documento supuestamente portugués) y familiares.

Después de haber sido bien recibido por el sultán, Francisco Serrão decidió permanecer allí, sin hacer ningún esfuerzo para retornar a Malaca.

[4]​ Una teoría sugiere que Serrão fue envenenado por el sultán de Ternate.