Posteriormente sirvió como maestro de Carlos II.Entre 1662 y 1671 desempeñó interinamente la presidencia del Consejo de Indias ante la ausencia del presidente titular Gaspar de Bracamonte Guzmán,[2] y en un breve periodo de 1677, la gobernación del Consejo de Castilla, por muerte de su antecesor Pedro Núñez de Guzmán.[3] En reconocimiento a los servicios prestados, en 1678 Carlos II le otorgó el título de conde de Francos.[4] En los últimos años de su vida abrazó el estado eclesiástico.Muerto en Madrid a los 79 años, fue enterrado en la iglesia de San Julián de Salamanca, donde todavía se conserva su estatua orante, atribuida a Juan Rodríguez.
Retrato de Francisco Ramos del Manzano en orla sobre su escudo de armas. Ilustración de
Aditiones seu Illustrationes aureae, ad doctissimi Ludovici de Molina de Hispaniarum Primogeniis celebrem tractatum
, Matriti, 1680.
Biblioteca Nacional de España
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