Concurre luego a la Guerra del Rosellón y Cataluña (1793-1794).

Apodaca regresó a España a enfrentar cargos, de los cuales, más tarde, sería absuelto y devuelto al servicio.

Apodaca pidió el relevo en julio y Juan de O'Donoju fue designado en España como su sustituto para hacerse cargo del gobierno de Nueva España, en cuanto arribase a América.

Novella recibe la orden de desalojar la capital entre el 21 y el 24 de septiembre para que pueda hacer su entrada el ejército Trigarante mexicano, que el 25 ocupa el bosque de Chapultepec y el 27 hace su entrada en la capital.

En 1822 tuvo una disputa con el capitán general de Cuba, Nicolás Mahy, ya que este ordenó no reconocer los grados otorgados por Francisco Novella bajo su mandato de facto.