Fernández comenzó su carrera en el Polideportivo Aguadulce, como director de fútbol y mánager.
En noviembre de 2011, Fernández fue nombrado asistente de Héctor Berenguel en el Polideportivo Ejido en la Segunda División B, pero el club posteriormente desaparecería en la misma campaña.
Fernández estaría a cargo del primer equipo de manera interina una vez más durante la temporada 2017-18, tras la destitución de Luis Miguel Ramis.
Su estreno como entrenador del UD Almería en esta nueva temporada 2018-19 fue fuera de casa en el Estadio Ramón de Carranza con derrota ante el Cádiz CF por 1-0.
Concluyó la temporada dejando al equipo andaluz en la zona templada de la clasificación.