Solo tuvieron un hijo, que murió poco antes que su madre:[1]​ Contrajo segundas nupcias con Isabel Estuardo, hija del rey Jacobo I de Escocia, con la que tuvo dos hijas: A pesar de las protestas de Escocia, ninguna de las dos princesas fueron reconocidas como herederas del ducado por su padre.

Francisco I nombró como su heredero a su hermano menor, Pedro de Guingamp.

El tratado de Guerànde, firmado en 1365, establecía la ley sálica en Bretaña.

Para evitar las controversias, el duque decidió casar a su hija Margarita, heredera según las leyes previas al tratado, con Francisco de Etampes, tercero en el orden sucesorio al ducado, detrás de Pedro de Guingamp (hermano del duque) y de Arturo de Richmond (tío del duque).

Además, casó a su hija segunda con el más poderoso señor del ducado, Juan II de Rohan.