Fue hijo de Francisco Aguilar Cubero y María Sacramento Barquero.

De este matrimonio nacieron ocho hijos: Jorge Arturo, Manuel, Sara, Arturo, José Luis, Rubén, Marco Tulio y Jorge Aguilar Morúa.

Llegó al poder en una coyuntura muy difícil, cuando el gobierno del Presidente americano Woodrow Wilson se negó a reconocer al Presidente Juan Bautista Quirós e indicó que debía entregar la presidencia a Francisco Aguilar Barquero, como Tercer Designado de la extinta administración de don Alfredo González Flores.

Enseguida puso en vigencia la Constitución de 1871 y poco después convocó a elecciones presidenciales para diciembre de 1919, que fueron ganadas por Julio Acosta García.

Jesús Fernández Morales y Jorge Sáenz Carbonell, Francisco Aguilar Barquero (San José, EUNED, 2012) Jesús Fernández Morales, Las Presidencias del Castillo Azul (2010)