Allí decidió finalmente regresar a Italia, cargando todas sus mercancías en un buque portugués.
Sin embargo, en la isla de Santa Elena, buques neerlandeses le atacaron y saquearon.
Regresó a Florencia sin su riqueza acumulada, siendo acogido por el gran duque Fernando I de Médici, quien lo había apoyado en su viaje.
Francisco documentó sus experiencias en doce discursos, los Ragionamenti [Razonamientos], dedicados al monarca toscano.
Se cree que la fabricación del chocolate llegó a Italia en 1606 gracias a él, que proporcionó las primeras referencias a la elaboración del chocolate por parte de los indígenas americanos (semillas de cacao tostadas, agua y azúcar) y, sobre todo, a la existencia de cacao solidificado en cuadraditos, que servía para ser transportado en los viajes como provisión, y que, si era necesario, se disolvía en agua.