Se trasladó luego a Florencia y trabajó en el Hospital Santa Maria Nuova.
Desgraciadamente, Antomarchi, no cumplía las expectativas de Napoleón, quien no confiaba en sus cualidades de médico, como tampoco su entorno ni sus guardianes británicos, quienes lo encontraban poco civilizado y zafio.
El año 1831, Antomarchi marchó a Polonia, donde fue inspector general de los hospitales polacos durante el Levantamiento de Noviembre y apoyó el levantamiento polaco contra Rusia, huyendo a París para escapar a las fuerzas del zar.
[5] Más adelante vivió por poco tiempo a Veracruz (México), donde fue médico itinerante, y acabó instalándose en Cuba, donde buscó a su primo Juan Antonio Benjamin Antomarchi, que había hecho fortuna en las plantaciones de café.
Llegaron a esta ubicación porque su hermano José María las heredó y luego se radicó en Colombia, al contraer nupcias con la santandereana Victoria García Herreros.