La aerolínea fundada en 2016, opera actualmente 15 aeronaves Boeing 737-800, con bases en el Aeroparque Jorge Newbery y el Aeropuerto Internacional Ministro Pistarini, ambos en Buenos Aires.

[4]​ El 26 de junio de 2017, se le autorizó a operar 83 rutas nacionales e internacionales por 15 años, con base principal en Aeropuerto El Palomar, y bases secundarias en Córdoba y Rosario.

[5]​[6]​ Dado al cierre del Aeropuerto El Palomar en 2020 durante la gestión de Alberto Fernández, Flybondi se vio obligada a trasladar su base principal a Aeroparque Jorge Newbery.

Esta regulación anti-competencia le impediría a Flybondi y otras empresas aéreas establecer precios libres mínimos para los pasajes.

[11]​ Flybondi comenzó con un Boeing 737-800 recibido mediante leasing,[12]​[13]​ este era el requisito pendiente para quedar autorizada a volar en el país.