Durante la Edad Media Flores quedó integrado en el Reino de León, cuyos monarcas habrían acometido la repoblación de la localidad dentro del proceso repoblador llevado a cabo en Aliste.
Tras la independencia de Portugal del reino leonés, en 1143, la localidad habría sufrido por su situación geográfica los conflictos entre los reinos leonés y portugués por el control de la frontera, quedando estabilizada la situación en Aliste a inicios del siglo XIII,[1] hecho reforzado por la firma del Tratado de Alcañices en 1297.
[5] Situada en los márgenes del río Aliste, tiene en su iglesia del siglo XVII, su edificio más notable, al que antiguamente se le sumaba un convento de la orden de los Jerónimos.
El retablo Mayor es barroco y tiene dos tablas pintadas, del siglo XV.
También son típicos los árboles frutales como “manzanales” (manzanos) brúñales, cerezos, perales, nogales...en sus huertas.