A partir de 1947 obtiene plaza oficial en el Archivo General de Navarra, entonces dirigido por José Ramón Castro Álava y lo compagina con la docencia en los PP.

En esos años se licencia en Filosofía y Letras en la Universidad de Zaragoza.

Posteriormente llegará a ser su director hasta la jubilación.

[1]​ En 1977 obtiene el doctorado con una tesis sobre el Valle de Roncal.

La obra escrita del archivero Idoate es muy amplia y abarca temas y épocas variados,[3]​ pormenorizando en recogida de materiales sumamente valiosos, no sólo desde el estricto punto de vista histórico sino también desde el antropológico y lingüístico.