Esta población fue descrita como una subespecie endémica del archipiélago ecuatoriano en el año 1869 por el naturalista, curador, botánico, briólogo, algólogo, micólogo y zoólogo inglés John Edward Gray.

En 1896, R. Ridgway publicó sus dudas sobre la validez del taxón,[1]​ las que fueron reafirmadas por W. Rothschild y otros en 1899.

[2]​ Su posición sistemática es aún controversial pues para algunos esta población totalmente aislada del resto de la especie posee suficientes diferencias que merecerían una consideración trinominal.

La población del flamenco de las Galápagos es muy pequeña, estimada entre 400 a 500 ejemplares,[4]​ o entre 320 y 550 individuos.

[15]​ Los seres humanos también afectan a las lagunas donde estos flamencos viven al depositar en ellas basura, escombros o emplearlas como vertederos de aguas servidas.