El sustrato representa el apoyo sobre lo cual se radican las plantas acuáticas emergentes y crecen las biopelículas microbiológicas (biofilm) que aportan la mayor parte de la eliminación de la carga orgánica del efluente.
Unos ejemplos son el Pasto Alemán, los Carrizos, Achira, y varias Araceas.
Si el terreno del fondo no es naturalmente impermeable (permeabilidad ≥ 10^-7 m/s), requiere una impermeabilización artificial.
Existe una gran variedad de sistemas, resumida en los tres tipos indicados en el gráfico a la derecha.
Hay mayor eficiencia de depuración en los sistemas subsuperficiales, donde se obliga al agua a fluir a través del sustrato, en contacto íntimo con las raíces de las plantas y las biopelículas microbianas, las que consumen los nutrientes presentes en el agua, filtran sólidos disueltos, neutralizan el pH, descomponen contaminantes y cumplen una variedad de otras funciones que contribuyen a la limpieza del agua.