Su padre murió cuando él apenas tenía dos años; en 1685 se produjo la revocación del edicto de Nantes, y cuando las autoridades intentaron educarlo bajo la fe de la Iglesia católica, su madre lo ideó todo para que pudiera escapar.
Abauzit adquirió allí una gran capacidad para los idiomas, la física y la teología, a una edad muy temprana.
Newton corrigió un error en la segunda edición de su célebre Philosophiæ Naturalis Principia Mathematica gracias a un apunte de Abauzit, y cuando le envió el Commercium Epistolicum, Newton le dijo: "Usted es digno para juzgar entre Leibniz y yo."
La buena reputación de Abauzit llevó a que el rey Guillermo III de Inglaterra le ofreciera establecerse en Inglaterra, pero rechazó el ofrecimiento del monarca, prefiriendo regresar a Ginebra.
Escribió un trabajo que arrojó dudas sobre la autoridad canónica del Apocalipsis, la cual pedía una respuesta de Leonard Twells.