Dos años antes, durante los eventos en Final Fantasy VII... Sephiroth, el "más grande soldado que jamás haya habido", ha invocado la técnica de máxima destrucción, "Meteorito" para causar un máximo daño al planeta que le permita ubicarse frente a toda esa liberación de energía y convertirse en un dios.
Dos años después de los sucesos ocurridos en el juego, los personajes se han disgregado para continuar sus vidas.
Tifa y Cloud cuidan a Marlene y adoptaron también a Denzel un joven huérfano, estableciéndose cerca de Midgar, pero Cloud está cada vez más distante, tomando un empleo como repartidor para alejarse de la ciudad.
Los supervivientes del desastre se han movido a las afueras de la ciudad creando un megasuburbio llamado Edge.
Cloud no quiere colaborar, ni mucho menos cuando los Turcos le confirman que Shinra intenta levantarse de las cenizas.
Al volver a Midgar, Cloud pasa por el lugar donde está clavada la Buster Sword de Zack que ha dejado para marcar el lugar donde su mejor amigo y mentor, murió tratando de salvarle la vida.
Cloud se encuentra con Tifa al regresar a Midgar, pero antes que pueda hacer algo cae por los efectos del Geoestigma.
Tifa aparece para rescatar a Denzel y ambos son atacados por Bahamut, pero reaparecen los viejos compañeros para ayudar: Barret, Yuffie, Red XIII y Cait Sith (Reeve Tuesti controlando a la criatura en forma remota).
Tras arrojar los restos desde la cima del edificio Rufus clama que pudo engañar a Kadaj pues este no siente un "deber filial" hacia JENOVA, posteriormente ambos se lanzan al vacío, Kadaj para recuperar el contenedor que ha caído y Rufus para destruirlo a balazos.
Tras una espectacular persecución por las autopistas elevadas Yazoo y Loz son detenidos por una bomba puesta por Reno.
El espíritu de Aeris reanima a Cloud para continuar y este finalmente alcanza a Kadaj, quien clama que su "Madre" (JENOVA) no lo ama tanto como a Sephiroth, pero que aun así es su madre y cumplirá sus deseos, sin embargo Kadaj descubre que el contenedor si fue alcanzado por las balas de Rufus y los restos de JENOVA fueron dañados irremediablemente.
En el tremendo combate ambos luchadores muestran todas sus habilidades volando de edificio en edificio y cortando todo a su paso con sus espadas; pero con el paso de los minutos Cloud, muy agotado para continuar, es sorprendido por Sephiroth quien logra herirlo, asegurando que le quitará aquello que Cloud pudiera considerar importante.
Cloud y Sephiroth vuelan al cielo donde invoca toda su energía en un ataque final, Omnilátigo Version 5.
Cloud contraataca con un último esfuerzo, pero los oponentes producen una explosión al tiempo que se desvanecen por el efecto sanador de la lluvia.
Los compañeros de Cloud solo pueden observar desde la distancia la tremenda explosión y desear que esté bien.
Cloud despierta en la iglesia de Aeris, sumergido en el lago formado por agua con corriente vital y con niños a su alrededor.
Todos los que no hayan estado bajo la "lluvia" podrían venir ahora a este lago y ser curados usando esta agua.
Cloud Strife: El héroe de la aventura, joven retraído que hace dos años consiguió junto a sus amigos salvar al mundo y recuperar sus recuerdos perdidos.
Aerith Gainsborough: "La salvadora" se sacrificó hace dos años para salvar al mundo invocando a sagrado.
Aertih lleva de nuevo el lazo que Zack en Crisis Core le había regalado.
El futuro aguarda un destino especial para Vincent tras esta batalla… (Dirge of Cerberus) Denzel: es un niño huérfano infectado por Geostima que vive con Cloud, Tifa y Marlene.
Red XIII: Aunque aparece muy poco, Red XIII es un animal de aspecto felino o lupino con pelaje rojo intenso, muy inteligente y capaz de hablar que ayudó a derrotar a Sephiroth tiempo atrás y que ahora regresa para apoyar al grupo.