Zack tiene una gran conexión con el pasado de Cloud Strife y con Sefirot.
Una vez en Banora, Zack conoce la madre de Angeal (Gillian Hewley), la cual será, aparentemente, asesinada por Angeal Hewley, que hará aparición, acompañado por Genesis, mostrando un ala negra.
Justo en ese momento, el edificio Shin-Ra es atacado por copias de Genesis.
Zack recibe una llamada de Sefirot para que se dirija al Reactor Mako 5.
Hollander consigue huir, ya que Sefirot combate contra Genesis y Zack es interceptado por Angeal.
Le pide que vuelvan a luchar juntos y Zack acepta.
En ese mismo instante Aeris llama y Genesis saca una invocación, Bahamut Sumo.
El viaje se realiza en helicóptero pero es detectado por Genesis y es derribado.
Para entrar en la fábrica necesita infiltrarse de manera que no se congele ni lo detecten.
Zack prosigue para atrapar al Profesor Hollander y se topa con Angeal.
Tras pasar un tiempo, Zack esta de vacaciones en Costa del Sol, siendo vigilado por Cissnei y Tseng, el cual informa que han aparecido nuevas copias de Genesis y están atacando Junon.
En ella, le acompaña Cloud, que vuelve a su pueblo natal.
Allí, conoce a Tifa, que les hace de guía.
No lo consigue porqué Cissnei le avisa de que está en peligro aquí.
Zack derrota a Hollander y Cloud había sido protegido por Angeal pero degradado.
Zack ve el peligro que es Genesis, y decide ir a derrotarlo para siempre y ahora sabe dónde se encuentra gracias a la pista de la Banora blanca o bobozana.
Luego Zack esconde a Cloud y comienza su combate final, ya que casi todo el ejército de Shin-Ra lo estaba esperando justo en la frontera de Midgar.
Los soldados, al ver el estado crítico de Cloud, lo dejan pensando que no sobrevivirá.
Momentos después, Cloud se acerca a Zack; viendo lo malherido que está, Zack le dice que le lega sus sueños, su honor, sus fuerzas y sus recuerdos, dándole la Espada Mortal diciéndole: "Por nosotros dos, tu debes vivir.
Cloud jura ser su legado, prometiéndole vivir por ambos gritando y llorando de impotencia al ver que su mejor amigo ha muerto.