Sin embargo también fue de gran relevancia el puesto ocupó durante las negociaciones para le reconciliación entre los judíos conversos y el imperio católico.
Para cuando instaló su residencia en Málaga, Fernando ya estaba casado con Inés Fernández y para el año 1496 la pareja ya tenía seis hijos: Diego, Alonso, Francisco, Juan, Luis y Gaspar de Torres.
Las razones de dicha decisión se desconocen pero algunas explicaciones sugieren que la intención era diferenciarse del antiguo linaje, lo que en la época era una práctica muy común entre las familias acaudaladas de origen semita.
Para el primer trimestre del año 1509 la Inquisición levanto los cargos contra Fernando y su familia y este no tardó mucho tiempo en volver a recuperarse de las desproporcionadas multas impuestas.
Inversiones en bienes inmuebles tanto en el campo como en el casco urbano, así como préstamos hipotecarios eran actividades muy frecuentes entre los judíos de la época, y en particular eran de especial interés para Fernando.