En 1553 fue designado para servir como embajador en Roma, donde se dedicó a suavizar la animosidad del papa contra los españoles (a quienes quería expulsar de Italia).

En este sentido, llegó a negociar la libertad del prior Santaflor, que había logrado que dos galeras francesas pasasen al servicio de España, y luego evitó que el papa Pablo IV siguiese conspirando con el enemigo para facilitarle a éste la toma de Nápoles.

Con la muerte de ésta, su vida se oscureció.

Falleció el 19 de julio de 1575, en Madrid, y siguiendo la disposición testamentaria que hizo, fue enterrado junto a su mujer en la conventual franciscana de Lugo, aunque luego fue trasladado al Monasterio de San Vicente del Pino, en su villa de Monforte, a la cual benefició con diversas fundaciones.

Casó a temprana edad con Teresa de Andrade Zúñiga y Ulloa, y nacieron de este enlace: Fuera del matrimonio, Fernando dejó además a Dinís, Rodrigo, María y Polonia.