Es el jugador con más partidos oficiales disputados en la historia del Valencia Club de Fútbol: (552), donde es el cuarto máximo goleador histórico tras Mundo, Waldo y Kempes a pesar de no ser delantero.
La práctica totalidad de su carrera transcurrió en el Valencia Club de Fútbol con 15 temporadas entre 1983 y 1998, club del que fue capitán durante varias temporadas, y fue internacional con la selección española, siendo convocado incluso para la disputa del Mundial 1990.
Fernando es todo un símbolo en el Valencia CF ya que ha sido el jugador que más veces se ha enfundado su camiseta, un total de 553 en partidos oficiales que se reparten de la siguiente manera: Con las selecciones ha disputado los siguientes partidos: Además es actualmente el cuarto goleador histórico del Valencia CF en liga tras Mundo, Waldo y Kempes a pesar de no ser delantero.
Ya retornado a primera división Fernando no bajó su nivel dirigiendo con acierto el juego del Valencia CF a la vez que destacaba en su faceta anotadora (estuvo siete temporadas consecutivas anotando 10 o más goles).
El día 02/06/2010, Fernando Gomez Colomer es cesado de su cargo por Manuel Llorente, actual presidente del Valencia C.F..
En 2013 presentó un proyecto para hacerse cargo del club ché y ostentar la presidencia.
En julio de 2017, la UD Alzira confió en sus servicios para dirigir a su primer equipo.