En sus once años como profesional militó en tres equipos, el CLAS-Cajastur, que fue evolucionando hasta ser el Mapei, el Kelme-Costa Blanca, donde llegó a ser el jefe de filas y donde cosechó sus grandes éxitos como corredor profesional, y el Team Coast, su último equipo hasta su retirada.
A Fernando Escartín debería otorgársele el mérito de haber ganado el Tour de Francia de 1999, ya que tanto el primer clasificado, Lance Armstrong, como el segundo, Alex Zülle, que procedía del equipo ciclista Festina, que dio origen al Caso Festina, de dopaje por EPO de todo el equipo, años después se demostró que corrieron el Tour dopados, y fueron posteriormente descalificados por ello.
Escartín fue el único ciclista que corrió supuestamente limpio, y subió al podio, ocupando el tercer puesto.
Sin embargo nunca reclamó personalmente el primer lugar que le debería corresponder en el podio de ese año.
Una desgraciada caída descendiendo el Puerto del Cordal bajo una intensa lluvia le obligó a abandonar en esa edición.