Realizó su formación primaria y parte de la secundaria en la Alianza Francesa, completando los dos últimos años en el Instituto Nacional.En 1984 ingresó al Seminario Pontificio Mayor de Santiago, donde realizó los estudios eclesiásticos.Posteriormente, en 1993 obtuvo la licenciatura en Teología moral en la Academia Pontificia Alfonsiana.Luego, en 1994 obtuvo el doctorado en Sagrada Teología, en la Pontificia Universidad Gregoriana.[4] En 1998, consiguió una maestría en Bioética, en el Pontificio Instituto Juan Pablo II.Además, ha desempeñado una intensa labor pastoral en el campo de la educación, obras sociales, artes y comunicaciones.Su lema episcopal es: Mihi vivere Christus («Para mí la vida es Cristo»).[10] Tomó posesión canónica el 28 de mayo del mismo, durante una ceremonia en la Catedral homónima.
Fernando Chomali celebrando una misa como arzobispo de Concepción.
Chomali en su toma de posesión como arzobispo de Santiago (2023).
