En 1992, pasó a laborar en la iniciativa privada y durante la estancia de Javier Corral Jurado como presidente del Comité Directivo Estatal del PAN en Chihuahua, Fernando se unió al equipo jurídico del PAN en Chihuahua en 1995, siendo después Secretario de Acción Electoral y posteriormente con la llegada de Guillermo Luján Peña al Comité Directivo Estatal, Fernando pasó a ser Secretario de Organización del PAN en Chihuahua.

[3]​ En 2007 fue electo Diputado plurinominal al Congreso de Chihuahua para la LXII Legislatura, periodo que concluyó en 2010; en este periodo se desempeñó como coordinador del grupo parlamentario del PAN.

[4]​ En 2016 fue coordinador general de la campaña a gobernador del estado por el PAN de Javier Corral Jurado, y en ese mismo año fue electo por segunda ocasión Presidente del Comité Directivo Estatal del PAN en Chihuahua, tomando protesta el 26 de octubre.

[5]​ En agosto de 2017, Álvarez fue critiado por tener un salario mayor que sus homólogos en otros estados e incluso ganar una cifra mayor que la alcaldesa de Chihuahua, Maru Campos y una cifra cercana a la del gobernador Javier Corral Jurado.

[6]​ En 2018, siendo presidente estatal de su partido, se registró como aspirante a candidato a diputado local plurinominal en el primer lugar de la lista de su partido,[7]​ hecho que le provocó críticas al interior del mismo.