Pero Salazar y Acha insiste en afirmar que, de ser cierto su parentesco con la familia real castellana, sería por vía ilegítima, y su principal argumento para sostenerlo es que los señoríos de Alfonso de Valencia no fueron heredados por Fernando Alfonso, que era su hijo «supuestamente legítimo», pero no hay documentos coetáneos que avalen la tesis de que los heredara ni tampoco de que el rey Alfonso XI de Castilla se los arrebatara, como se afirmó en el pasado.

[24]​ Y a principios de 1367, como señaló Julio Valdeón Baruque, Fernando Alfonso «se pronunció» públicamente a favor de Pedro I en Zamora.

[26]​ Y todo ello fue relatado, como señaló la historiadora María Concepción Castrillo LLamas,[26]​ en el capítulo XXII de la Crónica del rey don Pedro:[21]​[a]​

[28]​ Y el rey Pedro I, como recompensa por su fidelidad, le devolvió todas las posesiones que su padre, Alfonso XI, le había arrebatado en el pasado.

[36]​[c]​ Y la historiadora Covadonga Valdaliso señaló que «de todo ello» se infiere que el grupo de nobles que permaneció junto a Pedro I en la noche de su asesinato fue arrestado,[37]​ y que sus componentes huyeron o fueron rápidamente liberados,[38]​ y Cesáreo Fernández Duro afirmó que Fernando Alfonso consiguió escapar de Montiel y que regresó a la ciudad de Zamora, que se sublevó contra Enrique II de Castilla y se preparó para resistir el asedio de las tropas del nuevo monarca castellano.

[30]​ Los zamoranos fueron acaudillados por Fernando Alfonso de Valencia,[30]​[d]​ que en esos momentos controlaba, entre otras, las ciudades de Zamora, Ciudad Rodrigo, Alcántara y Tuy.

[39]​[30]​ Y cuando Fernando Alfonso y Men Rodríguez de Sanabria escaparon de Valladolid, este último se dirigió a las montañas de Sanabria y a Alcañices para apoyar desde allí la guerra contra Enrique II, y Fernando Alfonso se dirigió a Zamora, que poco después se sublevó contra el mismo monarca junto con Ciudad Rodrigo, Alcántara y Tuy.

[44]​ El rey de Portugal acuñó monedas castellanas durante esas guerras,[45]​ y en la Corte portuguesa se reorganizó el partido petrista, llamado así por defender la causa del difunto Pedro I de Castilla.

[51]​ Y el historiador Ursicino Álvarez Martínez señaló que Enrique II estableció su campamento en la orilla izquierda del río Duero y cerca del puente.

[52]​ Y el monarca portugués instaló su base de operaciones en La Coruña, aunque Enrique II contraatacó invadiendo Portugal,[46]​ y diversos historiadores señalan que, a causa de dicha invasión, Fernando I se limitó a socorrer «débilmente» a sus aliados castellanos, entre los que se contaba Fernando Alfonso de Valencia, y a dejarles actuar según su propio criterio.

[51]​ Además, cuando Enrique II fue informado de que el rey de Portugal había entrado con sus tropas en La Coruña, abandonó el asedio de Zamora y se dirigió a Galicia para atacar las ciudades defendidas por el magnate Fernán Ruiz de Castro, que apoyaba incondicionalmente al monarca portugués, y con ello obligó a este último a abandonar el territorio gallego y a regresar a su país.

[51]​ Y cuando Enrique II hubo conquistado a los portugueses las ciudades de Braga y Braganza, regresó a Toro y convocó una reunión de Cortes en dicha ciudad, a fin de poder obtener los recursos necesarios para proseguir la guerra[53]​ y poder pagar sus soldadas a los mercenarios extranjeros que le acompañaban.

Moreno Ollero señaló que Fernando Alfonso, que era el «principal» jefe de la resistencia zamorana, y Pedro Fernández de Velasco lucharon «cuerpo a cuerpo».

[56]​ Y la reina Juana Manuel, según afirmó el cronista Lopes en el capítulo XLI de la Chronica de el-rei D. Fernando, amenazó a Alfonso López de Tejeda con matar a sus tres hijos, que se encontraban en su poder, aunque el alcaide se negó a rendirse y sus hijos fueron asesinados, aunque como destacó Valdaliso,[63]​ ello le pareció extraño al cronista por considerarlo «una hazaña sin provecho»:[64]​ Castillo Llamas aseguró que los hijos del alcaide fueron asesinados en presencia suya,[57]​ lo que enfureció y enardeció aún más a los sitiados.

[66]​ Y al saber que el castillo de Zamora se había rendido, el monarca castellano lo comunicó a las ciudades y concejos de su reino y poco después recibió a los embajadores del reino de Portugal.

[68]​ Y conviene señalar que el monarca portugués concedió dicho título a petición del propio señor de Freixo de Numão.

[81]​ Sin embargo, el historiador Humberto Baquero Moreno señaló que, a pesar de haber sido expulsado de Portugal, Fernando Alfonso permaneció algún tiempo en dicho reino.

[4]​ Y entre 1373 y 1381 Fernando Alfonso estuvo en Inglaterra junto con numerosos nobles castellanos que habían sido expulsados de Portugal al mismo tiempo que él.

[88]​ Sin embargo, las apelaciones derivadas de los crímenes cometidos en dichos lugares deberían ser remitidas a la Corte portuguesa, y los merinos y corregidores tendrían potestad para aplicar las leyes y penas correspondientes en nombre de la Corona en dichos lugares.

[98]​ Sin embargo, la reina viuda, y valiéndose del Consejo Real, comenzó a despachar documentos en nombre propio y sin ni siquiera «mencionar» en los mismos, como indicó Suárez Fernández, el nombre de su hija Beatriz, que era la legítima reina de Portugal y estaba casada con Juan I de Castilla.

[98]​ Y «precisamente» fue el maestre de Avis, que poco después reclamaría el trono de Portugal y llegaría a reinar allí como Juan I, quien solicitó a Juan I de Castilla que acudiera rápidamente a Portugal para «hacer valer» los derechos de su esposa Beatriz.

[110]​[n]​ La mayoría de los historiadores portugueses modernos afirman rotundamente que Alfonso IV de Portugal no tuvo ningún hijo ilegítimo,[111]​ y argumentan que ello pudo ser debido a las malas relaciones que tuvo con sus propios hermanastros,[112]​ o debido a las buenas y armoniosas relaciones que siempre mantuvo con su esposa, la reina Beatriz de Castilla.