Fue un destacado miembro de la familia real Wittelsbach.Era hijo de Felipe del Palatinado y de Margarita de Baviera-Landshut, ambos príncipes electores del Palatinado.En 1512, Felipe fue nombrado coadjutor del obispo Juan III de Naumburgo.Tras la muerte de Juan III, en 1517, Felipe fue nombrado príncipe-obispo de Naumburgo.Felipe vivió en Naumburgo durante diez meses, ya que después regresó a su residencia de Freising, mientras que Naumburgo fue gobernada por los administradores locales.