Nacido como Felipe Próspero José Francisco Domingo Ignacio Antonio Buenaventura Diego Miguel Luis Alfonso Isidro Ramón Víctor de Austria, su venida al mundo fue recibida con gran alegría, ya que desde la muerte del príncipe Baltasar Carlos en 1646 la Casa Real española carecía de herederos varones.

Las esperanzas depositadas en el príncipe Felipe se vieron truncadas en 1661, cuando el niño falleció prematuramente con solo tres años y a escasos días del nacimiento de su hermano menor el príncipe Carlos, futuro Carlos II.

En la ceremonia para celebrar el nacimiento del Príncipe en Huesca estaba una representación del recién nacido arrodillados y mostrándole ante la Custodia, lo que debería señalar que "En la ilustre casa de Austria por la aprobación divina, la veneración del Santísimo Sacramento es innata."

Hasta su nacimiento, su medio hermano Baltasar Carlos que había muerto en 1646, y su media hermana, María Teresa fueron considerados como los herederos del reino, pues en España, no se seguía la ley sálica.

Leopoldo I era por entonces un candidato al trono español, circunstancia que habría podido afectar a los electores alemanes en la elección imperial en 1658, ya que temían la hegemonía del emperador Habsburgo.