Hasta 1616, gobernó solo la parte oriental del ducado, Semigalia, mientras que su hermano menor, Guillermo Kettler, lo hacía en Curlandia.
Al ser el primero de dos hijos, Federico recibió una buena educación cuando era joven, viajando a muchos otros países europeos.
A la muerte de su padre en 1587, Federico y su hermano menor Guillermo se fueron cogobernantes del ducado.
En 1617, la Asamblea Regional de Curlandia (Landtag) se reunió en el Castillo de Skrunda y decidió que se le debía quitar el título al Duque Guillermo y expulsarlo del ducado.
Al año siguiente Federico fue elegido como el único duque de Curlandia y aprobó una nueva constitución, Formula Regiminis, la cual otorgaba más derechos a la aristocracia.